Данная ошибка возникает тогда, когда не удается найти истинный путь до библиотеки libxml2.
Для решения данной проблемы на операционной системе Mac OS при установки гема nokogiri, необходимо вручную указать путь до libxml2:
gem install nokogiri -- --use-system-libraries --with-xml2-include=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/MacOSX10.12.sdk/usr/include/libxml2
При использовании bundler, можно сделать следующий конфиг, после которого можно забыть об этой проблеме:
bundle config build.nokogiri "--use-system-libraries --with-xml2-include=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.12.sdk/usr/include/libxml2"
Обратите внимание на вашу версию Mac OS, в данном примере версия 10.12. Если у вас версия отличная от 10.12, то необходимо немного изменить путь(подставить вашу версию ОС вместо 10.12) до библиотеки libxml2.